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自底向上理解Julia中的并行计算
最近看到一些有关Julia并行计算的提问,所以这里不妨开个头,介绍下Julia中并行计算的实现,希望能有更多人能参与进来一起讨论。在Julia文档中,有专门的一部分讲解Parallel Computing(中文翻译见并行计算),采用的是一种Top-Down的方式分别介绍了协程、多线程及分布式处理。这里我打算采用一种Bottom-Up的方式来介绍下Julia中的并行计算,建议先读完官方文档后继续往下看。
几个基本概念
Task
顾名思义,Task
就是构造一段执行任务,Task
的定义在task.c文件中,不过作为使用者,我们更关心的是调用接口:
julia> methods(Task)
# 1 method for generic function "(::Type)":
[1] Task(f) in Core at boot.jl:377
julia> methodswith(Task)
[1] bind(c::Channel, task::Task) in Base at channels.jl:191
[2] serialize(s::Serialization.AbstractSerializer, t::Task) in Serialization at /buildworker/worker/package_linux64/build/usr/share/julia/stdlib/v1.0/Serialization/src/Serialization.jl:427
[3] fetch(t::Task) in Base at task.jl:202
[4] istaskdone(t::Task) in Base at task.jl:117
[5] istaskstarted(t::Task) in Base at task.jl:134
[6] schedule(t::Task) in Base at event.jl:95
[7] schedule(t::Task, arg) in Base at event.jl:129
[8] show(io::IO, ::MIME{Symbol("text/plain")}, t::Task) in Base at show.jl:150
[9] show(io::IO, t::Task) in Base at task.jl:58
[10] wait(t::Task) in Base at task.jl:182
[11] yield(t::Task) in Base at event.jl:166
[12] yield(t::Task, x) in Base at event.jl:166
[13] yieldto(t::Task) in Base at event.jl:181
[14] yieldto(t::Task, x) in Base at event.jl:181
julia> fieldnames(Task)
(:parent, :storage, :state, :donenotify, :result, :exception, :backtrace, :logstate, :code)
task的构造函数只有一个Task(f)
,其唯一的一个参数f
必须是不带参数的函数,如果传一个带参数的函数,会在真正执行时触发MethodError
。
julia> t = Task((x) -> x + 1)
Task (runnable) @0x00007f600e180d30
julia> schedule(t)
Task (failed) @0x00007f600e180d30
MethodError: no method matching (::getfield(Main, Symbol("##11#12")))()
Closest candidates are:
#11(::Any) at REPL[29]:1
当然,每次都要记得构造一个闭包很傻,有一个@task
宏可以用于简化这个过程:
julia> t = @task println("Hi")
Task (runnable) @0x00007f600f25aa10
julia> schedule(t)
Hi
Task (queued) @0x00007f600f25aa10
julia> t
Task (done) @0x00007f600f25aa10
上面为了看到一个task的执行结果,我们使用了schedule
函数,其作用是将这个runnable的task加入到一个全局的task队列中,然后将task的状态置成:queued
,系统在空闲时会执行该task(TODO:调度的逻辑),执行结果存在:result
字段下,并根据执行结果修改其:state
状态(:failed
,:done
)。不过上面的例子似乎给人一种错觉,在执行完schedule(t)
之后,task t
立即就执行了,并没有感受到所谓的等待系统空闲。下面这个例子用一个计算密集型的任务来验证下:
t = @task begin
println("begin task")
inv(rand(2000, 2000))
println("end task")
end
begin
schedule(t)
println(length(Base.Workqueue))
println(t.state)
println("begin computing")
println(sum(inv(randn(1500, 1500))))
println("end computing")
println(length(Base.Workqueue))
println(t.state)
end
# 1
# queued
# begin computing
# 97.12983082590253
# end computing
# 1
# queued
# begin task
# end task
可以看到,在schedule(t)
之后,t
并没有立即被执行,而是被添加到了Base.Workqueue
中一直处于queued
状态,主流程继续执行,先进行了求逆计算,结束之后,系统再进行task切换,执行t
。以上,就是所谓的并发(Concurrency)。对于单一进程来说,并发执行计算密集型任务并没有太大收益,不过,对IO密集型任务来说,则非常有用,在等待的过程中,可以切换到其它任务,一旦条件满足,再切回来就执行,这样看起来,似乎是在同时执行多个任务(并发)。Julia对这里所谓的条件提供了一个统一的概念,称为Condition()
:
julia> fieldnames(Condition)
(:waitq,)
Condition()
只有一个类型为Vector
的字段:waitq
用于记录在等待该条件的所有task,在一个task内部,可以通过执行wait(c::Condition)
,声明其正在等待某个条件,然后将自己添加到Base.Workqueue
尾部,同时从中取出第一个task并做切换。当条件满足时,通过执行notify(c::Condition)
再将这些task重新加入到Base.Workqueue
中等待执行。
julia> c = Condition()
Condition(Any[])
julia> t = @task begin
println("waiting condition")
wait(c)
println("condition meet")
end
Task (runnable) @0x00007f2d954c07f0
julia> schedule(t)
waiting condition
Task (queued) @0x00007f2d954c07f0
julia> notify(c)
condition meet
1
除了通过执行wait
进行task切换之外,还可以通过执行yield()
主动进行task
的切换(其实也是调用了wait()
函数)。
yield() = (enq_work(current_task()); wait())
下面看一个yield
的例子:
julia> t1 = @task begin
println("task1 begin")
yield()
println("task1 resumed")
end
Task (runnable) @0x00007f2d954c2f50
julia> t2 = @task begin
println("task2 begin")
yield()
println("task2 resumed")
end
Task (runnable) @0x00007f2d954c31f0
julia> begin
schedule(t1)
schedule(t2)
yield()
end
task1 begin
task2 begin
task1 resumed
task2 resumed
关于task,理解这些基本够用了。一个典型的应用是Timer
,其中有个字段:cond
就是一个Condition()
,每当设定的时间周期到了的时候,就会notify
挂在该:cond
上的task。另外经常用到的@async
宏其实就是先构造了一个task,然后执行了schedule
(二合一了)
下面我们再深入理解一个更有意思的例子。
Channel
Channel
就是一个通道,不同的task可以从一端往其中写入数据,而另外一些task则可以从另外一端读取数据。Channel
的结构很简单:
mutable struct Channel{T} <: AbstractChannel{T}
cond_take::Condition # waiting for data to become available
cond_put::Condition # waiting for a writeable slot
state::Symbol
excp::Union{Exception, Nothing} # exception to be thrown when state != :open
data::Vector{T}
sz_max::Int # maximum size of channel
# Used when sz_max == 0, i.e., an unbuffered channel.
waiters::Int
takers::Vector{Task}
putters::Vector{Task}
end
其中state
字段表示当前channel的状态(:open
, :closed
),sz_max
则表示channel的长度(该长度可以设为0,~~即无限大~~)。
对于长度有限的channel来说,执行put!(c, v)
写入数据时,如果当前data
的长度已经达到了sz_max
,则会调用wait()
将当前task阻塞,然后每个事件周期都会检查data
的长度是否已经小于sz_max
,一旦该条件满足,就会往data
中写入v
,同时通知所有挂在cond_take
字段上的task。而执行take!(c)
读取数据时,如果当前data
中有数据,则取出来,同时通知挂在cond_put
上的task,否则,将当前task挂起到cond_take
中,等待新的数据。
对于~~无限长~~长度为0的channel而言,需要用到takers
和putters
字段。在写入数据时,如果takers
为空,就将当前task写入到putters
中(然后还会通知cond_take
上的task,这类task是通过wait(c)
挂在在~~无限长~~channel上的),否则,从takers
中取一个出来重新执行(这里用的是yield(t, v)
操作)。取数据时,先将自己加入到waiters
中,然后判断putters
是否为空,若空,则调用wait()
将自己挂起,否则从putters
中取出一个执行。
此外,关于Channel
有个挺好用的函数Channel(func::Function; ctype=Any, csize=0, taskref=nothing)
。关于Channel
的例子实在太多了,手册中的那个生产者消费者的例子就挺不错的,这里不列举了。
多线程
这里暂时先不深入介绍多线程,主要是这个Julia中老大难的问题了,目前的接口仍然是实验性的,此外也有一些PR正在做这方面的事情,建议subscribe一些multithreading的PR,了解下最新的进展(比如这个)
多进程
前面提到的都还是并发,要实现真正的并行,需要充分利用多核/多台机器。手册里有提到,Julia实现的并行机制有点类似MPI,不过是单向的(也就是说,有一个master进程负责给其它进程分配执行任务)。所有分布式相关的代码都在Julia源码的stdlib/Distributed
package下,接下来我们一步步展开介绍(如果你想在REPL中测试下面的示例代码,记得先执行using Distributed
)。
首先讨论单机多进程的情况。在Julia中,一个工作进程称作一个worker,管理这些worker的进程是LocalProcess
(也就是打开REPL后进入的进程)。每个进程都有自己的pid,LocalProcess
的pid是1
(为了表述方便,以下称其为master)。接下来先回答几个问题:
1. 如何表示一个work中的对象?
对于master而言,worker中的对象有两种表示,一个是Future
,另一个是RemoteChannel
。
mutable struct Future <: AbstractRemoteRef
where::Int
whence::Int
id::Int
v::Union{Some{Any}, Nothing}
end
其中,where
表示v
所在的pid,whence
和id
一般通过RRID
生成,分别表示生成该Future
对象的进程的pid,而id
则是从1开始自增的id。RemoteChannel
也类似:
mutable struct RemoteChannel{T<:AbstractChannel} <: AbstractRemoteRef
where::Int
whence::Int
id::Int
end
2. 怎么发起远程调用?
Julia中,提供了一个底层函数remotecall
来实现远程调用,执行后会立即返回一个Future
对象,然后可以通过fetch
将value写入到Future
的v
字段中(此时会发生数据转移,也就是导致并行计算性能瓶颈的地方)。例如:
julia> using Distributed
julia> addprocs()
4-element Array{Int64,1}:
2
3
4
5
julia> m = remotecall(rand, 5, 2, 2)
Future(5, 1, 6, nothing)
julia> fetch(m)
2×2 Array{Float64,2}:
0.109123 0.304667
0.454125 0.197551
此外,Distributed
中还提供了一些工具函数和有用的宏,这里不深入介绍,我们更关心的是:
3. 什么时候会发生GC?
Distributed
中有一个clear!
函数用于将worker中的变量置成nothing,不过,如果不引入全局变量的话,大多时候并不需要手动进行该操作。fetch
会自动执行send_del_client
函数,并通知gc.此外手册里也提到,由于对master来说,一个RemoteReference的内存占用很小,并不会马上被gc,因而可以调用finalize
,从而会立即执行send_del_client
向worker发送gc信号。
TODO: 一个分布式并行计算的实例